Наш инженер Алексей:
Согласно РД 34.21.122-87 нормативного акта: при наличии на расстоянии 3-10 м от строения деревьев, в 2 раза и более превышающих его высоту с учетом всех выступающих на кровле предметов (дымовые трубы, антенны и т.д.), по стволу ближайшего из деревьев должен быть проложен токоотвод, верхний конец которого выступает над кроной дерева не менее чем на 200 мм. У основания дерева токоотвод должен быть присоединен к заземлителю;..»
Т.е. само по себе дерево не может считаться молниезащитой, поэтому защищать кровлю необходимо обязательно.